蓮華寺の歴史は古く、今からおよそ1200年前 、伝教大師最澄によって建立された神宮寺六坊のひとつと伝えられています。
天台宗として出発した蓮華寺は、元々は香春岳一の岳の東麓にありましたが、慶長5年（1600）頃、学仙院日成上人は日蓮宗に改宗し、慶長7年香春町本町「川の方」に移転再建しました。しかし、享保十年と弘化二年に焼失するなど苦難の時代を過ごすこととなります。
大正元年9月28日、第二十世貫名圓徳（大蓮院日浄）上人は、本町より現在地の山下町に移転改築に着手し、同年落成に至りました。また、圓徳上人は博多東公園日蓮聖人銅像建立のため全国を勧募の行脚にまわった僧のうちの一人でもあります。
昭和30年10月、香春岳守護の山王大権現様を当山御守護神として開眼。
昭和57年10月宗祖七百遠忌記念事業として本堂・納骨堂建立、境内整備。更に平成12年10月立教開宗七百年記念事業として檀信徒会館を改築し現在に至っています。